Taxonomie (biologie)

Een deel van een serie over
Evolutionaire biologie
Darwins vinken by John Gould
Index Introductie Hoofd schets Begrippenlijst bewijsmateriaal Geschiedenis
Processen en resultaten populatiegenetica Variatie Verscheidenheid Mutatie Natuurlijke selectie Aanpassing polymorfisme Genetische drift Genenstroom Soortvorming Adaptieve radiatie Samenwerking co-evolutie Co-extinctie Afwijking Convergentie Parallelle evolutie Uitdoving
Natuurlijke geschiedenis Oorsprong van het leven Gemeenschappelijke afstamming Geschiedenis van het leven Tijdlijn van evolutie Menselijke evolutie fylogenie Biodiversiteit biogeografie Classificatie Evolutionaire taxonomie Cladistiek Overgangsfossiel Extinctie evenement
Geschiedenis van de evolutietheorie Overzicht Renaissance Voor Darwin Darwin Oorsprong der soorten Voor de synthese Moderne synthese Moleculaire evolutie Evo-devo Huidig ​​onderzoek Geschiedenis van soortvorming Geschiedenis van de paleontologie (tijdlijn)
Velden en toepassingen Toepassingen van evolutie Biosociale criminologie Ecologische genetica Evolutionaire esthetiek Evolutionaire antropologie Evolutionaire berekening Evolutionaire ecologie Evolutionaire economie Evolutionaire epistemologie Evolutionaire ethiek Evolutionaire speltheorie Evolutionaire taalkunde Evolutionaire geneeskunde Evolutionaire neurowetenschap Evolutionaire fysiologie Evolutionaire psychologie Experimentele evolutie Fylogenetica palaeontologie Selectief fokken Speciatie-experimenten sociobiologie Eiland biogeografie systematiek Universeel darwinisme
Sociale implicaties Evolutie als feit en theorie Sociale effecten Schepping-evolutie controverse Theïstische evolutie Bezwaren tegen evolutie Niveau van ondersteuning
Portal voor evolutionaire biologie  Categorie
v t e

In biologie, taxonomie (Van Oud Grieks τάξις (taxi's) 'arrangement', en -νομία (-nomia) 'methode') is de wetenschappelijk studie van benoemen, definiëren (omschrijven) en het classificeren van biologische groepen organismen gebaseerd op gedeelde kenmerken. Organismen zijn gegroepeerd in tarief (enkelvoud: taxon) en deze groepen krijgen a taxonomische rang; groepen van een bepaalde rang kunnen worden samengevoegd tot een meer inclusieve groep met een hogere rang, waardoor een taxonomische hiërarchie ontstaat. De belangrijkste rangen in modern gebruik zijn domein, koninkrijk, phylum (divisie wordt soms gebruikt in de plantkunde in plaats van phylum), klasse, bestellen, familie, geslacht en soorten. De Zweedse botanicus Karel Linnaeus wordt beschouwd als de grondlegger van het huidige taxonomiesysteem, aangezien hij een gerangschikt systeem ontwikkelde dat bekend staat als Linnaeaanse taxonomie voor het categoriseren van organismen en binominale nomenclatuur voor het benoemen van organismen.

Met vooruitgang in de theorie, gegevens en analytische technologie van biologische systematiek, is het Linnaean-systeem getransformeerd in een systeem van moderne biologische classificatie dat bedoeld is om de evolutionaire relaties tussen organismen, zowel levend als uitgestorven.

Definitie

De exacte definitie van taxonomie varieert van bron tot bron, maar de kern van de discipline blijft: de conceptie, naamgeving en classificatie van groepen organismen. Als referentiepunten worden hieronder recente definities van taxonomie weergegeven:

1. Theorie en praktijk van het groeperen van individuen in soorten, het rangschikken van soorten in grotere groepen en het geven van namen aan die groepen, waardoor een classificatie ontstaat.
2. Een wetenschapsgebied (en belangrijk onderdeel van systematiek) die beschrijving, identificatie, nomenclatuur en classificatie omvat
3. De wetenschap van classificatie, in de biologie de rangschikking van organismen in een classificatie
4. "De wetenschap van classificatie zoals toegepast op levende organismen, inclusief de studie van manieren om soorten te vormen, enz."
5. "De analyse van de kenmerken van een organisme met het oog op classificatie"
6. "Systematische studies fylogenie om een ​​patroon te bieden dat kan worden vertaald in de classificatie en namen van het meer inclusieve taxonomieveld "(vermeld als een wenselijke maar ongebruikelijke definitie)

De gevarieerde definities plaatsen ofwel taxonomie als een deelgebied van systematiek (definitie 2), keren die relatie om (definitie 6), of lijken de twee termen als synoniemen te beschouwen. Er is enige onenigheid over de vraag of biologische nomenclatuur wordt beschouwd als een onderdeel van de taxonomie (definities 1 en 2), of een onderdeel van de systematiek buiten de taxonomie. Definitie 6 gaat bijvoorbeeld gepaard met de volgende definitie van systematiek die de nomenclatuur buiten de taxonomie plaatst:

• systematiek: "De studie van de identificatie, taxonomie en nomenclatuur van organismen, inclusief de classificatie van levende wezens met betrekking tot hun natuurlijke relaties en de studie van variatie en de evolutie van taxa".

Michener in 1970 et al. definieerde "systematische biologie" en "taxonomie" (termen die vaak verward zijn en door elkaar worden gebruikt) in relatie tot elkaar als volgt:

Systematische biologie (hierna eenvoudigweg systematiek genoemd) is het veld dat (a) wetenschappelijke namen voor organismen geeft, (b) ze beschrijft, (c) collecties ervan bewaart, (d) classificaties voor de organismen verschaft, sleutels voor hun identificatie, en gegevens over hun distributies, (e) onderzoekt hun evolutionaire geschiedenis, en (f) beschouwt hun aanpassingen aan het milieu. Dit is een vakgebied met een lange geschiedenis dat de afgelopen jaren een opmerkelijke renaissance heeft doorgemaakt, vooral wat betreft de theoretische inhoud. Een deel van het theoretische materiaal heeft te maken met evolutionaire gebieden (onderwerpen e en f hierboven), de rest heeft vooral betrekking op het classificatieprobleem. Taxonomie is dat deel van Systematiek dat zich bezighoudt met onderwerpen (a) tot (d) hierboven.

Een hele reeks termen, waaronder taxonomie, systematische biologie, systematiek, biosystematiek, wetenschappelijke classificatie, biologische classificatie en fylogenetica hebben soms overlappende betekenissen gehad - soms hetzelfde, soms iets anders, maar altijd gerelateerd en kruisend. De breedste betekenis van "taxonomie" wordt hier gebruikt. De term zelf werd in 1813 geïntroduceerd door de Candolle, in zijn Théorie élémentaire de la botanique. John Lindley gaf in 1830 een vroege definitie van systematiek, hoewel hij schreef over "systematische plantkunde" in plaats van de term "systematiek" te gebruiken. Europeanen hebben de neiging om de termen "systematiek" en "biosystematiek" te gebruiken voor de studie van biodiversiteit als geheel, terwijl Noord-Amerikanen vaker "taxonomie" gebruiken. Echter, taxonomie, en in het bijzonder alfa taxonomie, is meer specifiek de identificatie, beschrijving en naamgeving (dwz nomenclatuur) van organismen, terwijl "classificatie" zich richt op het plaatsen van organismen in hiërarchische groepen die hun relaties met andere organismen laten zien.

Monografie en taxonomische revisie

A taxonomische revisie or taxonomische beoordeling is een nieuwe analyse van de variatiepatronen in een bepaalde taxon. Deze analyse kan worden uitgevoerd op basis van elke combinatie van de verschillende beschikbare soorten kenmerken, zoals morfologisch, anatomisch, palynologisch, biochemisch en genetisch. A monografie of volledige revisie is een revisie die alomvattend is voor een taxon voor de informatie die op een bepaald moment en voor de hele wereld wordt gegeven. Andere (gedeeltelijke) revisies kunnen beperkt zijn in de zin dat ze slechts enkele van de beschikbare tekensets gebruiken of een beperkt ruimtelijk bereik hebben. Een revisie resulteert in een aanpassing van of nieuwe inzichten in de relaties tussen de subtaxa binnen het onderzochte taxon, wat kan leiden tot een wijziging in de classificatie van deze subtaxa, de identificatie van nieuwe subtaxa of de samenvoeging van eerdere subtaxa.

Taxonomische karakters

Taxonomische karakters zijn de taxonomische attributen die kunnen worden gebruikt om het bewijs te leveren van welke relaties (de fylogenie) tussen taxa worden afgeleid. Soorten taxonomische karakters zijn onder meer:

Alfa- en bèta-taxonomie

De voorwaarde "alfa taxonomie"wordt tegenwoordig voornamelijk gebruikt om te verwijzen naar de discipline van het vinden, beschrijven en benoemen tarief, in het bijzonder soorten. In eerdere literatuur had de term een ​​andere betekenis, verwijzend naar morfologische taxonomie en de producten van onderzoek tot het einde van de 19e eeuw.

William Bertram Turrill introduceerde de term "alfa-taxonomie" in een reeks artikelen gepubliceerd in 1935 en 1937 waarin hij de filosofie en mogelijke toekomstige richtingen van de discipline taxonomie besprak.

... er is een toenemende wens onder taxonomen om hun problemen vanuit een breder gezichtspunt te bekijken, om de mogelijkheden van nauwere samenwerking met hun cytologische, ecologische en genetische collega's te onderzoeken en te erkennen dat enige herziening of uitbreiding, misschien van drastische aard, van hun doelen en methoden, wenselijk kunnen zijn ... Turrill (1935) heeft gesuggereerd dat hoewel het accepteren van de oudere taxonomie van onschatbare waarde, gebaseerd op structuur en handig aangeduid als "alfa", het mogelijk is een glimp op te vangen van een verre taxonomie waarop is voortgebouwd als breed mogelijke basis van morfologische en fysiologische feiten, en een waarin "plaats wordt gevonden voor alle observatie- en experimentele gegevens die betrekking hebben, ook al zijn ze indirect, op de samenstelling, onderverdeling, oorsprong en gedrag van soorten en andere taxonomische groepen". Idealen kunnen, zo mag gezegd worden, nooit helemaal gerealiseerd worden. Ze hebben echter een grote waarde als permanente stimulans, en als we een, zelfs vaag, ideaal van een "omega"-taxonomie hebben, kunnen we een eindje verder gaan in het Griekse alfabet. Sommigen van ons behagen zichzelf door te denken dat we nu rondtasten in een "bèta"-taxonomie.

Turrill sluit dus expliciet verschillende studiegebieden uit van de alfa-taxonomie die hij binnen de taxonomie als geheel opneemt, zoals ecologie, fysiologie, genetica en cytologie. Verder sluit hij fylogenetische reconstructie uit van alfa-taxonomie.

Latere auteurs hebben de term in een andere betekenis gebruikt, om de afbakening van soorten aan te duiden (geen ondersoorten of taxa van andere rangen), gebruikmakend van alle beschikbare onderzoekstechnieken, inclusief geavanceerde computationele of laboratoriumtechnieken. Aldus Ernst Mayer in 1968 gedefinieerd "beta taxonomie" als de classificatie van rangen hoger dan soorten.

Een begrip van de biologische betekenis van variatie en van de evolutionaire oorsprong van groepen van verwante soorten is nog belangrijker voor de tweede fase van taxonomische activiteit, het sorteren van soorten in groepen van verwanten ("taxa") en hun ordening in een hiërarchie van hogere categorieën. Deze activiteit is wat de term classificatie aangeeft; het wordt ook wel "bèta-taxonomie" genoemd.

Microtaxonomie en macrotaxonomie

Hoe soorten in een bepaalde groep organismen moeten worden gedefinieerd, geeft aanleiding tot praktische en theoretische problemen die worden aangeduid als de soorten probleem. Het wetenschappelijke werk om te beslissen hoe soorten moeten worden gedefinieerd, wordt microtaxonomie genoemd.^{[onbetrouwbare bron?]} Bij uitbreiding is macrotaxonomie de studie van groepen aan de hogere kant taxonomische rangen onderklasse en hoger.

Geschiedenis

Hoewel sommige beschrijvingen van de taxonomische geschiedenis proberen taxonomie te dateren tot oude beschavingen, vond een echt wetenschappelijke poging om organismen te classificeren pas in de 18e eeuw plaats. Eerdere werken waren voornamelijk beschrijvend en gericht op planten die nuttig waren in de landbouw of de geneeskunde. Er zijn een aantal stadia in dit wetenschappelijk denken. Vroege taxonomie was gebaseerd op willekeurige criteria, de zogenaamde "kunstmatige systemen", waaronder Linneus's systeem van seksuele classificatie voor planten (Linnaeus' classificatie van dieren uit 1735 was getiteld "Systema natuurlijke" ("het systeem van de natuur"), wat impliceert dat hij in ieder geval geloofde dat het meer was dan een "kunstmatig systeem"). systemen", zoals die van de Jussieu (1789), de Candolle (1813) en Bentham en Hooker (1862-1863). Deze classificaties beschreven empirische patronen en warenevolutionaire bij het denken. De publicatie van Charles Darwin's On the Origin of Species (1859) leidde tot een nieuwe verklaring voor classificaties, gebaseerd op evolutionaire relaties. Dit was het concept van phyletisch systemen, vanaf 1883. Deze aanpak werd getypeerd door die van Eichler (1883) en engels (1886-1892). De komst van cladistisch methodologie in de jaren zeventig leidde tot classificaties op basis van het enige criterium van monofylie, ondersteund door de aanwezigheid van synapomorfen. Sindsdien is de bewijsbasis uitgebreid met gegevens uit moleculaire genetica dat is voor het grootste deel een aanvulling op traditioneel morfologie.^{[pagina nodig][pagina nodig][pagina nodig]}

Pre-Linnaeër

Vroege taxonomen

Het benoemen en classificeren van menselijke omgevingen is waarschijnlijk begonnen met het begin van taal. Het onderscheiden van giftige planten van eetbare planten is een integraal onderdeel van het voortbestaan ​​van menselijke gemeenschappen. Illustraties van medicinale planten verschijnen in Egyptische muurschilderingen van c. 1500 BC, wat aangeeft dat het gebruik van verschillende soorten werd begrepen en dat er een basistaxonomie bestond.

Oude tijden

Beschrijving van zeldzame dieren (写生珍禽图), door Song-dynastie schilder Huang Quan (903-965)

Organismen werden eerst geclassificeerd door Aristoteles (Griekenland, 384-322 vC) tijdens zijn verblijf op de Eiland Lesbos. Hij classificeerde wezens volgens hun onderdelen, of in moderne termen attributen, zoals levend geboren zijn, vier poten hebben, eieren leggen, bloed hebben of een warm lichaam hebben. Hij verdeelde alle levende wezens in twee groepen: planten en dieren. Sommige van zijn groepen dieren, zoals Anhaima (dieren zonder bloed, vertaald als ongewervelden) en Enhaima (dieren met bloed, ongeveer de gewervelde dieren), evenals groepen zoals de haaien en walvisachtigen, worden tegenwoordig nog steeds veel gebruikt. Zijn leerling Theophrastus (Griekenland, 370–285 v.Chr.) zette deze traditie voort en noemde zo'n 500 planten en hun gebruik in zijn Historie Plantarum. Nogmaals, verschillende plantengroepen die momenteel nog worden herkend, zijn terug te voeren op Theophrastus, zoals Cornus, krokus en Narcis.

Middeleeuws

Taxonomie in de Middeleeuwen grotendeels gebaseerd op de Aristotelisch systeem, met toevoegingen over de filosofische en existentiële orde der wezens. Dit omvatte concepten zoals de grote keten van zijn in het westen schools traditie, opnieuw uiteindelijk afgeleid van Aristoteles. Het aristotelische systeem classificeerde geen planten of fungus, vanwege het gebrek aan microscopen in die tijd, aangezien zijn ideeën waren gebaseerd op het ordenen van de hele wereld in een enkel continuüm, volgens de schaal van nature (de natuurlijke ladder). Ook hiermee werd rekening gehouden in de grote keten van het zijn. Er werden vorderingen gemaakt door geleerden zoals Procopius, Timotheus van Gaza, Demetrios Pepagomenos en Thomas van Aquino. Middeleeuwse denkers gebruikten abstracte filosofische en logische indelingen die meer geschikt waren voor abstracte filosofie dan voor pragmatische taxonomie.

Renaissance en vroegmodern

Tijdens het Renaissance en Age of Enlightenment, kwam het categoriseren van organismen vaker voor, en taxonomische werken werden ambitieus genoeg om de oude teksten te vervangen. Dit wordt soms toegeschreven aan de ontwikkeling van geavanceerde optische lenzen, waardoor de morfologie van organismen veel gedetailleerder kon worden bestudeerd. Een van de eerste auteurs die profiteerde van deze technologische sprong was de Italiaanse arts Andrea Cesalpino (1519–1603), die wel "de eerste taxonoom" wordt genoemd. Zijn magnum opus De Plantis kwam uit in 1583 en beschreef meer dan 1500 plantensoorten. Twee grote plantenfamilies die hij voor het eerst herkende, zijn nog steeds in gebruik: de asteraceae en Brassicaceae. Toen in de 17e eeuw John Ray (Engeland, 1627–1705) schreef veel belangrijke taxonomische werken. Ongetwijfeld zijn grootste prestatie was Methodus Plantarum Nova (1682) waarin hij details van meer dan 18,000 plantensoorten publiceerde. In die tijd waren zijn classificaties misschien wel de meest complexe tot nu toe geproduceerd door een taxonoom, aangezien hij zijn taxa baseerde op veel gecombineerde karakters. De volgende grote taxonomische werken werden geproduceerd door Joseph Pitton de Tournefort (Frankrijk, 1656-1708). Zijn werk uit 1700, Institutiones Rei Herbariae, omvatte meer dan 9000 soorten in 698 geslachten, die Linnaeus rechtstreeks beïnvloedden, aangezien het de tekst was die hij als jonge student gebruikte.

Linnaeus tijdperk

Titelpagina van Systema natuurlijke, Leiden, 1735

De Zweedse botanicus Karel Linnaeus (1707-1778) luidde een nieuw tijdperk van taxonomie in. Met zijn belangrijkste werken Systema natuurlijke 1e editie in 1735, Soort Plantarum in 1753, en Systema natuurlijke 10th Edition, hij bracht een revolutie teweeg in de moderne taxonomie. Zijn werken implementeerden een gestandaardiseerd binominale naamgevingssysteem voor dier- en plantensoorten, wat een elegante oplossing bleek te zijn voor een chaotische en ongeorganiseerde taxonomische literatuur. Hij introduceerde niet alleen de standaard van klasse, orde, geslacht en soort, maar maakte het ook mogelijk om planten en dieren uit zijn boek te identificeren door de kleinere delen van de bloem te gebruiken. Dus de Linneaans systeem werd geboren en wordt nog steeds op dezelfde manier gebruikt als in de 18e eeuw. Momenteel beschouwen taxonomen van planten en dieren het werk van Linnaeus als het "uitgangspunt" voor geldige namen (respectievelijk in 1753 en 1758). Namen die vóór deze data zijn gepubliceerd, worden "pre-Linnaean" genoemd en worden niet als geldig beschouwd (met uitzondering van spiders die zijn gepubliceerd in Svenska Spindlar). Zelfs taxonomische namen die vóór deze data door Linnaeus zelf zijn gepubliceerd, worden als pre-Linnaeïsch beschouwd.

Modern classificatiesysteem

Evolutie van de gewervelde dieren op klasseniveau, breedte van spindels die het aantal families aangeeft. Spildiagrammen zijn typerend voor evolutionaire taxonomie

Dezelfde relatie, uitgedrukt als a cladogram typisch voor cladistiek

Een patroon van groepen genest binnen groepen werd gespecificeerd door Linnaeus' classificaties van planten en dieren, en deze patronen werden voorgesteld als dendrogrammen van het dier en de plant koninkrijken tegen het einde van de 18e eeuw, ruim voor die van Charles Darwin On the Origin of Species werd uitgebracht. Het patroon van het "natuurlijke systeem" bracht geen genererend proces met zich mee, zoals evolutie, maar impliceerde het misschien, waardoor vroege transmutationistische denkers werden geïnspireerd. Onder vroege werken die het idee van een transmutatie van soorten waren Erasmus Darwin's (grootvader van Charles Darwin) 1796 Zoonomie en Jean-Baptiste Lamarck's Philosophie Zoologique van 1809. Het idee werd gepopulariseerd in de Engelstalige wereld door de speculatieve maar veel gelezen Overblijfselen van de natuurlijke geschiedenis van de schepping, anoniem gepubliceerd door Robert Chambers in 1844.

Met de theorie van Darwin ontstond al snel een algemene acceptatie dat een classificatie het darwinistische principe van gemeenschappelijke afstamming. Boom van leven representaties werden populair in wetenschappelijke werken, met daarin opgenomen bekende fossiele groepen. Een van de eerste moderne groepen die gebonden waren aan fossiele voorouders waren vogels.^{[citaat nodig]} Met behulp van de toen nieuw ontdekte fossielen van Archaeopteryx en hesperonis, Thomas Henry Huxley verklaarde dat ze waren geëvolueerd uit dinosaurussen, een groep formeel genoemd door Richard Owen in 1842. De resulterende beschrijving, die van dinosaurussen die vogels 'veroorzaken' of 'de voorouders van' vogels zijn, is het essentiële kenmerk van evolutionaire taxonomische denken. Naarmate er eind 19e en begin 20e eeuw steeds meer fossiele groepen werden gevonden en herkend, paleontologen werkte om de geschiedenis van dieren door de eeuwen heen te begrijpen door bekende groepen met elkaar te verbinden. Met de moderne evolutionaire synthese van de vroege jaren 1940 was er een in wezen modern begrip van de evolutie van de grote groepen. Aangezien evolutionaire taxonomie is gebaseerd op Linneaanse taxonomische rangen, zijn de twee termen in modern gebruik grotendeels uitwisselbaar.

De cladistisch methode is ontstaan ​​sinds de jaren zestig. In 1958, Julian Huxley gebruikte de term clade. Later, in 1960, introduceerden Cain en Harrison de term cladistisch. Het meest opvallende kenmerk is het hiërarchisch rangschikken van taxa evolutionaire boom, met de wens dat alle genoemde taxa monofyletisch zijn. Een taxon wordt monofyletisch genoemd als het alle afstammelingen van een voorouderlijke vorm omvat. Groepen waarvan afstammelingen zijn verwijderd, worden genoemd parafyletisch, terwijl groepen worden genoemd die meer dan één tak van de levensboom vertegenwoordigen polyfyletisch. Monofyletische groepen worden herkend en gediagnosticeerd op basis van synapomorfen, gedeelde afgeleide karakterstatussen.

Cladistische classificaties zijn compatibel met de traditionele Linnean-taxonomie en de codes van Zoölogisch en Botanische nomenclatuur. Een alternatief systeem van nomenclatuur, de Internationale code van fylogenetische nomenclatuur or PhyloCode is voorgesteld, waarvan de bedoeling is om de formele naamgeving van clades te reguleren.^{[onbetrouwbare bron?]} Linnaean-rangen zijn optioneel onder de PhyloCode, dat bedoeld is om naast de huidige, op rang gebaseerde codes te bestaan. Het valt nog te bezien of de systematische gemeenschap de PhyloCode of verwerp het ten gunste van de huidige nomenclatuursystemen die al meer dan 250 jaar worden gebruikt (en waar nodig aangepast).

Koninkrijken en domeinen

Het basisschema van de moderne classificatie. Er kunnen veel andere niveaus worden gebruikt; domein, het hoogste niveau in het leven, is zowel nieuw als omstreden.

Ruim voor de ontdekking van Carl Linnaeus (botanicus) werden planten en dieren als afzonderlijke koninkrijken beschouwd.^{[onbetrouwbare bron?]} Linnaeus gebruikte dit als de hoogste rang en verdeelde de fysieke wereld in het planten-, dieren- en mineralenrijk. Naarmate de vooruitgang in de microscopie de classificatie van micro-organismen mogelijk maakte, nam het aantal koninkrijken toe, waarbij systemen met vijf en zes koninkrijken de meest voorkomende waren.

domeinen zijn een relatief nieuwe groepering. Voor het eerst voorgesteld in 1977, Carl Woese's drie-domein systeem werd pas later algemeen aanvaard. Een belangrijk kenmerk van de drie-domeinmethode is de scheiding van Archaea en Bacterie, voorheen gegroepeerd in het enkele koninkrijk Bacteria (een koninkrijk dat ook wel Monera), met de eukaryota voor alle organismen waarvan de cellen a bevatten kern. Een klein aantal wetenschappers omvat een zesde koninkrijk, Archaea, maar accepteert de domeinmethode niet.

Thomas Cavalier Smith, die uitgebreid publiceerde over de classificatie van protisten, in 2002 stelde voor dat de Neomura, de clade die de Archaea en Eukarya, zou zijn voortgekomen uit Bacteria, meer bepaald uit Actinomycetota. Zijn classificatie van 2004 behandelde de archeobacteriën als onderdeel van een subkoninkrijk van het koninkrijk Bacteria, dwz hij verwierp het systeem met drie domeinen volledig. Stefan Luketa stelde in 2012 een vijf "dominion" -systeem voor, toe te voegen Prionobiota (acellulair en zonder Nucleïnezuur) en virusbiota (acellulair maar met nucleïnezuur) naar de traditionele drie domeinen.

Recente uitgebreide classificaties

Er bestaan ​​gedeeltelijke classificaties voor veel individuele groepen organismen en deze worden herzien en vervangen zodra er nieuwe informatie beschikbaar komt; alomvattende, gepubliceerde behandelingen van het meeste of alle leven zijn echter zeldzamer; recente voorbeelden zijn die van Adl et al., 2012 en 2019, die alleen betrekking heeft op eukaryoten met de nadruk op protisten, en Ruggiero et al., 2015, die zowel eukaryoten als prokaryoten tot de rang van Orde, hoewel beide fossiele vertegenwoordigers uitsluiten. Een aparte compilatie (Ruggero, 2014) omvat bestaande taxa tot de rang van familie. Andere, database-gestuurde behandelingen omvatten de Encyclopedia of Life Wereldwijde informatiefaciliteit voor biodiversiteit NCBI-taxonomiedatabase Tussentijds register van mariene en niet-mariene genera Levensboom openenEn Catalogus van het leven. De Paleobiology-database is een bron voor fossielen.

Aanvraag

Biologische taxonomie is een subdiscipline van biologie, en wordt over het algemeen beoefend door biologen die bekend staan ​​​​als "taxonomen", hoewel enthousiast naturalisten zijn ook vaak betrokken bij de publicatie van nieuwe taxa. Omdat taxonomie beoogt te beschrijven en te organiseren leven, het werk van taxonomen is essentieel voor de studie van biodiversiteit en het resulterende veld van Conserveringsbiologie.

Organismen classificeren

Biologische classificatie is een cruciaal onderdeel van het taxonomische proces. Als gevolg hiervan informeert het de gebruiker over wat de verwanten van het taxon verondersteld worden te zijn. Biologische classificatie maakt gebruik van taxonomische rangen, waaronder onder andere (in volgorde van meest inclusief naar minst inclusief): Domein, Koninkrijk, stam, Klasse, Bestellen, Familie, Geslacht, Diersoorten en Spanning.^{[let op 1]}

Taxonomische beschrijvingen

Type exemplaar voor Nepenthes smilesii, een tropische bekerplant

De "definitie" van een taxon wordt ingekapseld door zijn beschrijving of zijn diagnose of door beide gecombineerd. Er zijn geen vaste regels voor de definitie van taxa, maar de naamgeving en publicatie van nieuwe taxa wordt beheerst door sets van regels. In zoölogie nomenclatuur voor de meer algemeen gebruikte rangen (superfamilie naar ondersoorten), wordt geregeld door de Internationale code voor zoölogische nomenclatuur (ICZN-code). Op het gebied van fycologie, mycologie en plantkunde, wordt de naamgeving van taxa beheerst door de Internationale nomenclatuurcode voor algen, schimmels en planten (ICN).

De eerste beschrijving van een taxon omvat vijf hoofdvereisten:

1. Het taxon moet een naam krijgen op basis van de 26 letters van het Latijnse alfabet (a binomiaal voor nieuwe soorten, of uninominale voor andere rangen).
2. De naam moet uniek zijn (dus geen homoniem).
3. De beschrijving moet gebaseerd zijn op ten minste één naamdrager type exemplaar.
4. Het moet uitspraken bevatten over geschikte attributen om het taxon te beschrijven (definiëren) of om het te onderscheiden van andere taxa (de diagnose, ICZN-code, artikel 13.1.1, ICN, artikel 38, al dan niet gebaseerd op morfologie). Beide codes scheiden bewust de inhoud van een taxon (its omschrijving) van het definiëren van de naam.
5. Deze eerste vier vereisten moeten worden gepubliceerd in een werk dat verkrijgbaar is in talloze identieke exemplaren, als een permanent wetenschappelijk verslag.

Er is echter vaak veel meer informatie opgenomen, zoals het geografische bereik van het taxon, ecologische notities, chemie, gedrag, enz. Hoe onderzoekers tot hun taxa komen, varieert: afhankelijk van de beschikbare gegevens en middelen variëren methoden van eenvoudige kwantitatief or kwalitatieve vergelijkingen van opvallende kenmerken, tot uitgebreide computeranalyses van grote hoeveelheden DNA sequentie data.

Auteursvermelding:

Een "autoriteit" kan achter een wetenschappelijke naam worden geplaatst. De autoriteit is de naam van de wetenschapper of wetenschappers die de naam als eerste geldig heeft gepubliceerd. In 1758 gaf Linnaeus bijvoorbeeld de Aziatische olifant de wetenschappelijke naam elephas maximus, dus de naam wordt soms geschreven als "elephas maximus Linnaeus, 1758". De namen van auteurs worden vaak afgekort: de afkorting L.voor Linneus, wordt veel gebruikt. In de botanie is er in feite een gereglementeerde lijst van standaardafkortingen (zie lijst van botanici op auteursafkorting). Het systeem voor het toewijzen van bevoegdheden verschilt enigszins tussen plantkunde en zoölogie. Het is echter standaard dat als het geslacht van een soort is gewijzigd sinds de oorspronkelijke beschrijving, de naam van de oorspronkelijke autoriteit tussen haakjes wordt geplaatst.

Fenetiek

Een vergelijking van fylogenetische en fenetische (karaktergebaseerde) concepten

In de fenetica, ook wel taximetrie of numerieke taxonomie genoemd, worden organismen geclassificeerd op basis van algehele gelijkenis, ongeacht hun fylogenie of evolutionaire relaties. Het resulteert in een maat voor hypergeometrische "afstand" tussen taxa. Fenetische methoden zijn in de moderne tijd relatief zeldzaam geworden, grotendeels vervangen door cladistisch analyses, aangezien fenetische methoden geen onderscheid maken tussen gedeelde voorouderlijke (of plesiomorf) eigenschappen van gedeelde afgeleide (of apomorf) onderscheidende kenmerken. Bepaalde fenetische methoden, zoals buurman erbij, zijn blijven bestaan, als snelle schatters van relaties wanneer meer geavanceerde methoden (zoals Bayesiaanse gevolgtrekking) zijn rekenkundig te duur.

databases

Moderne taxonomie gebruikt databank technologieën om classificaties en hun documentatie te doorzoeken en catalogiseren. Hoewel er geen veelgebruikte database is, zijn er uitgebreide databases zoals de Catalogus van het leven, die probeert elke gedocumenteerde soort op te sommen. De catalogus vermeldde 1.64 miljoen soorten voor alle koninkrijken vanaf april 2016, en claimde een dekking van meer dan driekwart van de geschatte soorten die de moderne wetenschap kent.

Zie ook

Opmerkingen

Referenties

Bibliografie

Externe links

• Wat is taxonomie? de Natural History Museum Londen
• Taxonomie at NCBI het Nationaal centrum voor biotechnologie-informatie
• Taxonomie at UniProt het Universele eiwitbron
• HET IS het Geïntegreerd taxonomisch informatiesysteem
• CETaF het Consortium van Europese Taxonomische Faciliteiten
• Wikispecies gratis soortenlijst
• Biologische classificatie. Gearchiveerd 13 augustus 2020 op de Naar Wayback Machine